eclipse - Mac OS X での Rcpp+Eclipse

Question

Rccp の使用を開始しようとしていますが、R 用に StatEt を既に使用しているため、開発環境として Eclipse を使用することにしました。単純なプログラムでさえコンパイルして実行するのに問題があり、助けていただければ幸いです。

簡単に言えば、Rcpp、RInside、Eclipse のセットアップ、およびサンプルプログラムについて、ブログの指示に従おうとしました: http://blog.fellstat.com/?p=170 。私は Mountain Lion で実行しており、XCode のコマンドラインオプションを使用して g++ をインストールしました。ブログのすべての手順に忠実に従ったと思いますが、プログラムをコンパイルできません。以下の出力のスニペットからわかるように、問題はヘッダーファイルのインクルード方法にあると思います。私が知る限り、の 52 行目/usr/include/c++/4.2.1/cstringはインクルードステートメントで<string.h>あり、コンパイラはインクルードパスの前にあるfromRccp/include/string.hの代わりにインクルードします。string.hstd

私はC++の初心者なので、続行する方法についていくつかの指針をいただければ幸いです。

-クリシュナ

16:22:38 **** Incremental Build of configuration Debug for project MyTestRCppPackage ****
Info: Internal Builder is used for build
g++ -DINSIDE -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RInside/include -O0 -g3 -Wall -c -fmessage-length=0 -arch x86_64 -v -o src/main.o ../src/main.cpp 
Using built-in specs.
Target: i686-apple-darwin11
Configured with: /private/var/tmp/llvmgcc42/llvmgcc42-2336.11~182/src/configure --disable-checking --enable-werror --prefix=/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr/llvm-gcc-4.2 --mandir=/share/man --enable-languages=c,objc,c++,obj-c++ --program-prefix=llvm- --program-transform-name=/^[cg][^.-]*$/s/$/-4.2/ --with-slibdir=/usr/lib --build=i686-apple-darwin11 --enable-llvm=/private/var/tmp/llvmgcc42/llvmgcc42-2336.11~182/dst-llvmCore/Developer/usr/local --program-prefix=i686-apple-darwin11- --host=x86_64-apple-darwin11 --target=i686-apple-darwin11 --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.2.1
Thread model: posix
gcc version 4.2.1 (Based on Apple Inc. build 5658) (LLVM build 2336.11.00)
 /usr/llvm-gcc-4.2/bin/../libexec/gcc/i686-apple-darwin11/4.2.1/cc1plus -quiet -v -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RInside/include -imultilib x86_64 -iprefix /usr/llvm-gcc-4.2/bin/../lib/gcc/i686-apple-darwin11/4.2.1/ -dD -D__DYNAMIC__ -DINSIDE ../src/main.cpp -fPIC -quiet -dumpbase main.cpp -mmacosx-version-min=10.8.3 -m64 -mtune=core2 -auxbase-strip src/main.o -g3 -O0 -Wall -version -fmessage-length=0 -D__private_extern__=extern -o /var/folders/hc/vqp48jt56_v332kc3dqyf5780000gn/T//ccqdmOKI.s
ignoring nonexistent directory "/usr/llvm-gcc-4.2/bin/../lib/gcc/i686-apple-darwin11/4.2.1/../../../../i686-apple-darwin11/include"
ignoring nonexistent directory "/usr/include/c++/4.2.1/i686-apple-darwin11/x86_64"
ignoring nonexistent directory "/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr/llvm-gcc-4.2/lib/gcc/i686-apple-darwin11/4.2.1/../../../../i686-apple-darwin11/include"
#include "..." search starts here:
#include <...> search starts here:
 /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/include
 /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include
 /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp
 /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RInside/include
 /usr/llvm-gcc-4.2/bin/../lib/gcc/i686-apple-darwin11/4.2.1/include
 /usr/include/c++/4.2.1
 /usr/include/c++/4.2.1/backward
 /usr/local/include
 /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr/llvm-gcc-4.2/lib/gcc/i686-apple-darwin11/4.2.1/include
 /usr/include
 /System/Library/Frameworks (framework directory)
 /Library/Frameworks (framework directory)
End of search list.
GNU C++ version 4.2.1 (Based on Apple Inc. build 5658) (LLVM build 2336.11.00) (i686-apple-darwin11)
    compiled by GNU C version 4.2.1 (Based on Apple Inc. build 5658) (LLVM build 2336.11.00).
GGC heuristics: --param ggc-min-expand=150 --param ggc-min-heapsize=65536
Compiler executable checksum: b37fef824b01c0a99fb2679acf3b04f1
In file included from /usr/include/c++/4.2.1/cstring:52,
                 from /usr/include/c++/4.2.1/bits/stl_algobase.h:66,
                 from /usr/include/c++/4.2.1/memory:53,
                 from /usr/include/c++/4.2.1/tr1/hashtable:56,
                 from /usr/include/c++/4.2.1/tr1/unordered_map:37,
                 from /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/platform/compiler.h:158,
                 from /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/RcppCommon.h:26,
                 from /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp.h:27,
                 from ../src/main.cpp:8:
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/string.h:52: error: 'internal' has not been declared
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/string.h:52: error: typedef name may not be a nested-name-specifier
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/string.h:52: error: expected ';' before '<' token
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/string.h:65: error: expected `)' before 'charsxp'
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/string.h:70: error: expected ',' or '...' before '&' token
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/string.h:75: error: expected unqualified-id before '&' token
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/string.h:75: error: expected ',' or '...' before '&' token
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/string.h:75: error: 'Rcpp::String::String()' cannot be overloaded
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/string.h:55: error: with 'Rcpp::String::String()'
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/string.h:85: error: 'Rcpp::String::String(int)' cannot be overloaded
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/string.h:70: error: with 'Rcpp::String::String(int)'
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/string.h:88: error: expected `)' before 'x'
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/string.h:89: error: expected `)' before 'x'

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ここには、まったく別の問題が 2 つあります。

Rcpp のインストールに必要なものをすべて入手してください。OS X の側面については、Simon が管理する関連ページに文書化する必要があります。ツールがあり、Rcpp がインストールされている場合は、cppFunction('double nPi(int x) { return x*M_PI; }')Rcpp で提供される関数を使用して、次のようにアクセスできる呼び出し可能な C++ 関数を作成し、値を返す必要がありますnPi()。nPi(2)
選択した IDE とその設定。これは、動作する必要があることを除けば、1. とはほとんど関係がありません。

だから私は 1. に取り組み、最初にそれが整理されたかどうかを確認してから、2. に目を向けます。

score 2 · Accepted Answer

要約すると、私が直面した問題は、競合Rcppしているファイルと同じ名前のファイルをインクルードすることでした。std特に、string.hfromRcppが正しい選択であるポイントに from が含まれていました。string.h私stdが知る限り、これは、-Iディレクティブを介して指定されたパスがデフォルトパスの前に検索されるという事実によるものでした。

これを解決するために、XCode と関連するコマンドラインツールの削除と再インストール、macports を使用した別の g++ コンパイラのインストールなど、さまざまな方法を試しました。これらのいずれも問題を解決しませんでした。次に、Rcpp と R のインクルードファイルの検索パスに-idirafterディレクティブの代わりにディレクティブを使用しました。gccインクルードオーダーからヒントを得ました。. これらのディレクトリはデフォルトのパスの後に検索されるようになったため、これは機能しました。これにより、(少なくとも今のところ!) fromとfromが競合する可能性が排除されます。-Istring.hstdstring.hRcpp

http://blog.fellstat.com/?p=170のステップ 5 を機能させるには、ファイルに-idirafterパスを設定する必要がありました。PKG_CPPFLAGSMakevars

皆さんの提案に感謝します。

score 1 · Accepted Answer

インクルードを削除するだけです

/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp

その理由は：

すべての R インポートが形式に沿っているため、不要<Rcpp/XXX>
コンパイラがディレクトリstring.h内を検索するため (そうすべきではない場合)、この問題が発生します。Rcpp

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