spp でいくつかの ChIP-seq データを処理しています。文献を調べたところ、使用するのに適したプログラムとして spp が示されているようです (ENCODE が使用しています)。spp を使用するために見つけた 2 つのチュートリアルhttps://sites.google.com/a/brown.edu/bioinformatics-in-biomed/spp-r-from-chip-seqとhttp:// compbio.med.harvard.edu/Supplements/ChIP-seq/tutorial.html論文も読みました...ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19029915. また、Karchencko 教授に電子メールを送信し、生物伝導体リストサーブに投稿しましたが、すべて応答がありません。私の質問は、MSER と予測されるシーケンス深度 (spp の追加出力) についてです。では、MSER とは何だと思いますか?それを超えると、ピークが正式に決定されるスコア値ですか? このスコア値を超えるピークを見ると、それらは非常に明確に定義されています。また、予測されるシーケンシング深度は、MSER と FDR 値が一致するために必要な追加の「タグ」の数の予測ですか? このプログラムに関する適切な情報を見つけるのは困難です。アドバイスや追加情報は大歓迎です！
ティア