私はFancyBox内でCKEditorを使用するようにしていますが、すべてうまくいきますが、ex. テーブルのすべてのフィールドが無効になっています。(画像を添付します。画像、フラッシュについても同じです...)
FancyBox なしで CKEditor を開こうとすると問題なく動作しますが、FancyBox のようにする必要があります。
jQuery UI(システムで使用されていると思いますが、実際にはTwitter Bootstrapを使用すると同じ問題が発生します)がCKEditorのダイアログのすべての入力をブロックしています。jQuery UIの担当者がこの問題に取り組んでいるようですが、この修正を含む新しいバージョンがすでにリリースされているかどうかはわかりません。
詳細については、CKEditortracのこのバグレポートを確認してください。