ユーザーから提供された一連の遺伝子から、強化された GO 用語のリストを導き出そうとしています。私が理解し、実装している方法は次のとおりです。
私の入力は、約 500 の遺伝子で構成される csv ファイルです。
>library(topGO)
>library(hgu133plus2.db)
>all.genes <- ls(hgu133plus2ACCNUM) # I guess, this creates my gene universe
>data <- read.csv(file.choose(),header=FALSE) #Here I give an input csv file containing genes
>relevant.genes <- factor(as.integer(all.genes %in% data)
>names(relevant.genes) <- all.genes
>GOdata.BP <- new("topGOdata", ontology='BP', allGenes = relevant.genes, annotationFun =annFUN.db, affyLib = 'hgu133plus2.db')
この後、次のエラーが表示されます。
Error in .local(.Object, ...) : allGenes must be a factor with 2 levels
> str(relevant.genes)
Factor w/ 1 level "0": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
- attr(*, "names")= chr [1:54675] "1007_s_at" "1053_at" "117_at" "121_at" ...
どこが間違っているのか教えてください。式の値がありませんが、これに TopGO を使用するのは正しいですか。