メール機能が www.test.com/index.php?r=Email では機能していないが、www.test.com/email-test.php では機能している場合は、メイン構成の URL ルールに関係するよりも問題ありませんファイル。
以下を試してください。
'urlManager'=>array(
        'urlFormat'=>'path',
                    'showScriptName'=>false,
                    'caseSensitive'=>false,
        'rules'=>array(
                        'gii'=>'gii',
                   '<controller:\w+>/<id:\d+>'=>'<controller>/view',
                        '<controller:\w+>/<action:\w+>/<id:\d+>'=>'<controller>/<action>', 
                        '<controller:\w+>/<action:\w+>'=>'<controller>/<action>',
                        '<action>'=>'site/<action>',
        ),
    ),
またはこれを試してください
'urlManager'=>array(
        'urlFormat'=>'path',
        'rules'=>array(
            '<controller:\w+>/<id:\d+>'=>'<controller>/view',
            '<controller:\w+>/<action:\w+>/<id:\d+>'=>'<controller>/<action>',
            '<controller:\w+>/<action:\w+>'=>'<controller>/<action>',
        ),
    ),
これは、保護されたメインの構成ファイルに入ります。