my_project/java/classes 内にコンパイル済みのコードがいくつかあります。また、そのコードのすべてのライブラリを my_project/java/lib に jar として持っています。
何らかの理由で、その lib 内の jar を使用可能にすることができないため、Java クラスがそれらにアクセスできます。
詳細: https://gist.github.com/anonymous/5219067
ご覧のとおり、インポートしようとしているライブラリを操作できます。それは間違いなくそこにあり、クラスパスにあります。
また、いくつかの方法、主に jar 内にパッケージ化された依存関係を持つ Eclipse のエクスポートを使用して、すべての依存関係がバンドルされた「太い」jar を試してみましたが、成功しませんでした。エラーが示すように、 matlabcontrol/** などのすべての依存関係に InvokationException クラスが含まれていました。
Program.java ファイルで問題が発生していたクラスをインポートすると、同じ Matlab.initialize() 関数を呼び出すと、別のクラスのエラーが発生しました。クラスを正しく構築していないのではないかと思っているので、「インポート 'matlabcontrol.*」が適切に解決されていません。