私はプログラミングにかなり慣れていません。Mac OS X 10.5 に biopython をインストールしようとしています。
これは私がこれまでに行ったことです。
1. xcode をインストール
2. numpyをインストール
3. ターミナルでこれらのコマンドを実行
python setup.py build
python setup.py test
テストは 1 つの失敗を報告しました。
test_Tutorial ... FAIL
ERROR: Run tutorial doctests.
Traceback (most recent call last): File "test_Tutorial.py", line 152, in test_doctests ValueError: 4 Tutorial doctests failed: test_from_line_05671, test_from_line_06030, test_from_line_06190, test_from_line_06479
助けやアドバイスをありがとう。
そのファイル test_Tutorial.py は、メインの Biopython チュートリアルとクックブックのソースでマークされた例を実行します ( http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html / http://biopython.org/DIST/docs/tutorial /Tutorial.pdf ) を使用して、例が期待どおりに機能することを確認します。内部的には、これは Python の doctest の例と同じライブラリを使用します。
test_Tutorial.py が失敗したという事実は、いくつかの例ではおそらく無害な問題です。
Biopython のどのバージョンを使用していますか? これが公式リリースである場合、その失敗は予想外です。それが git リポジトリからのスナップショットであった場合、それは残念なことです。興味がある場合は、これを試して詳細情報を確認できます。
$ cd Tests
$ python test_Tutorial.py
この種の問題は、Biopython メーリング リストhttp://biopython.org/wiki/Mailing_listsでより簡単に議論される可能性があります。
優れたプログラミング環境をセットアップする最も簡単な方法はMacPortsを使用することであることがわかりました。これは、インストール時にすべての依存関係が確実に満たされるようにするための優れた方法であるためです。ただし、ターミナルとコマンド ラインに精通している必要があります。
再起動。
Terminal.app を開いて入力sudo port selfupdateし、ポートファイルの定義が最新であることを確認します。
を実行sudo port install py27-biopythonして、最新バージョンの Python 2 (2.7.3)、numpy、およびをインストールしbiopythonます。これにはしばらく時間がかかります。
実行echo $PATHして/opt/local/bin、 /opt/local/sbin` が先頭にあることを確認します。彼らはする必要があります。
実行which pythonして、それが返されることを確認します/opt/local/bin/python。そうでない場合は、実行sudo port install python_selectしてその指示に従って、デフォルトの Python バージョンを選択します。
願わくば、この時点で実行pythonして対話型インタープリターに入ることができimport Bio、エラーが発生しないことを願っています。
幸運を！