私はこれをやっています:
<div class="container-fluid">
  <div class="row-fluid">
    <div class="span12 well">
    <div class="row-fluid">
      <ul class="thumbnails">
        <?php 
          for($i=0; $i<count($rows); $i+=1){ // EVERY ODD BOOK STARTING AT 0
        ?>
        <li class="span4">
          <div class="thumbnail">
            <img src="http://placehold.it/320x200" alt="ALT NAME">
            <div class="caption">
              <h3><?php echo $rows[$i]['Title']; ?></h3>
              <p>Seller: <?php echo $rows[$i]['FirstName'] . " " . $rows[$i]['LastName']; ?> </p>
              <p>Email: <?php echo $rows[$i]['Email']; ?></p>
              <p>Phone: <?php echo $rows[$i]['PhoneNumber']; ?></p>
              <p>Condition: <?php echo $rows[$i]['BookCondition']; ?></p>
              <p align="center"><a href="#" class="btn btn-primary btn-block">Open</a></p>
            </div>
          </div>
        </li> 
          <?php
        }
      ?>   
      </ul>
    </div>
</div>
3つ以上のアイテムがあるときはいつでも、2行目の左マージンのように見えるものによってサムネイルがずれます..
画像を参照してください: