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Bitbucket を使い始めたばかりですが、Github でも同じ問題が発生しています。私はEGitでEclipseを使用しています。
私の問題は、コミットしてプッシュするときです。「src」は直接表示されませんが、フォルダーがあり、次の場所にあります: https://bitbucket.org/Knux14/screenup/src/
src フォルダーを作成する代わりに、最初に [ScreenUp] をクリックする必要があります。その後、src が表示されます。押し間違えた?
プロジェクト全体を含むフォルダーを Git に追加しただけなので、すべてのものはサブフォルダー ("ScreenUp") にあります。
このまま使い続けても問題ありません。しかし、それがあなたを悩ませている場合は、リポジトリを削除し、プロジェクトをバージョン管理から削除して (Google が助けてくれます)、もう一度追加してください。