入力の幅を.row内に配置し、目的の.span#を割り当てることで、変化するように設定できます。どうすれば同じ効果を得ることができますが、入力追加を使用しますか?
<div class='container-fluid'>
<div class='row-fluid'>
<div class='span3 well'>
<ul class='nav nav-list nav-stacked'>
<li>
<div class='input-append'>
<input type='text'>
<button class='btn btn-info' type='button'>Add</button>
</div>
</li>
</ul>
</div>
<div class='span9'>
<span>More stuff</span>
</div>
</div>
</div>
「追加」ボタンの幅をCSSで固定値に設定します。