まず、Javaは仮想マシン内で実行されるという点で正しいです。つまり、システムの内部動作を直接公開することはありません。ただし、これは、各システムが内部で何らかの形で異ならないことを意味するわけではありません。オペレーティングシステムの種類が異なれば、カーネルも異なり、スケジューリングの考え方も異なり、スレッドの処理方法も異なり、割り込みチェーンも異なります(Linuxにはかなりの数のシグナルがありますが、Windowsにはほんの一握りがあります)。
Java(言語)に関する限り、どこでも同じように動作します。それが実際にどのように達成されるかは、それが実行されているネイティブJVMによって異なります。
ただし、この求人情報については、UNIX/Linuxの部分についてはあまり読みません。これは、Javaのプログラミング中に誰かがUNIXまたはLinux環境でどれだけ快適に作業できるかを多かれ少なかれ測定しています。Javaで利用可能なIDEの大部分はクロスプラットフォームですが、そのショップはMacまたは* nixのフレーバー(RHEL、Debian、Ubuntuなど)を使用している可能性があります。UNIX / Linuxでの作業の便利さの多くはコマンドラインにあるため、コマンドライン/シェルスクリプトを使用することも重要です。
すべてのショップがWindowsマシンを使用して開発しているわけではありません。ただのヘッズアップ。