最新のHighstock1.3にアップグレードしました。
私は自分のシリーズでを有効dataLabelsにしました。borderRadius
IEでは、チャートはデータラベル用に余分な高さでレンダリングされます。
これはHighchartフィドルリンクで見ることができます。
スナップショット:

また、最新では、データラベルのデフォルトの位置が変更されていますHighstock 1.3。これで、以前のバージョンよりも少し高い値がレンダリングされます。
使ってます
dataLabels: {
enabled: true,
y: -3
}
splineシリーズ用。これが例です。
スナップショット:
