プロットに「ナイーブ」という単語を入れて、PNGとPDFとして保存する必要があります。タイトルや目盛りのラベルにある場合があります。何を試しても、ï文字の代わりに常に右矢印記号(png)または空のスペース(pdf)が表示されます。
関数native2unicodeとunicode2nativeを調べましたが、これらはファイルの入出力専用のようです。
このタスクがMATLABで非常に難しいとは信じられません。
私はMATLAB2012bundierWindows7を使用しています。
シンボルïにはASCIIコード0239または16進数があり0xEFます。、を入力すると、MATLABはコンソールにAlt-0239表示しますが、空の四角で表示されます。

MATLABは、文字のコードとして26を返します。
>> int32('Naïve')
ans =
78 97 26 118 101
このシンボルは、MATLABのTeX文字シーケンステーブルには存在しません。