「applicationContext.xml と web.xml の関係は何ですか。親子関係ですか、それとも兄弟関係ですか」という質問になるかもしれません。
現在の Spring アプリケーションは、Tomcat で JNDI を定義し、JNDI を に登録<resource-ref/>しweb.xmlます。applicationContext.xmlによって作成された JNDI リソース Bean がいくつかあります<jee:jdni-lookup>。
<jee:jndi-lookup id="dataSource_A" jndi-name="jndi/sourceA" />
<jee:jndi-lookup id="dataSource_B" jndi-name="jndi/sourceB" />
<jee:jndi-lookup id="dataSource_C" jndi-name="jndi/sourceC" />
<resource-ref/>今面白い発見は、からすべてコメントアウトした後、JNDIデータソースはまだアクセス可能であり、アプリケーションが経由せずに（JNDI名を見つけることができる場所で）web.xmlTomcatに直接アクセスしていると思われます。applicationContext.xmlweb.xml
また、このような現象は STS3.2/tomcat-7.0.35.B.RELEASE でのみ発生し、STS2.9.2/tomcat-7.0.30.A.RELEASE では発生しないことに注意してください。