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私が取り組んでいる20行のデータ：

Zv9_NA110   6176    7276    5'to3'IntronExon    0   +   1100    0 0 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
Zv9_NA110   10126   11226   5'to3'IntronExon    0   +   1100    0 0 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   7   9   9   15  18  18  18  18  18  18  18  18  18  18  18  18  18  18  18  18  18  18  13  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
Zv9_NA110   11219   12319   5'to3'ExonIntron    0   +   1100    0 0 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
Zv9_NA110   14887   15987   5'to3'IntronExon    0   +   1100    1 0 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   7   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9
Zv9_NA110   18923   20023   5'to3'IntronExon    0   +   1100    0 0 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
Zv9_NA110   21069   22169   5'to3'ExonIntron    0   +   1100    0 135   115 65  54  45  36  27  16  9   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
Zv9_NA113   1615    2715    5'to3'IntronExon    0   -   1100    0 0 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
Zv9_NA113   2335    3435    5'to3'ExonIntron    0   -   1100    0 0 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   7   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   3   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
Zv9_NA113   5398    6498    5'to3'IntronExon    0   -   1100    0 0 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
Zv9_NA113   7173    8273    5'to3'ExonIntron    0   -   1100    0 0 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
Zv9_NA118   11674   12774   5'to3'IntronExon    0   +   1100    0 0 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
Zv9_NA118   12711   13811   5'to3'ExonIntron    0   +   1100    0 0 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
Zv9_NA123   38151   39251   5'to3'ExonIntron    0   -   1100    0 1061  958 844 796 695 600 464 346 265 210 150 133 94  81  72  46  18  4   0   0   0   0   0   0   0   0   0   7   9   9   9   11  21  35  43  58  91  108 180 268 406 547 712 833 882 960 1094    1172    1245    1331    1432    1510    1604    1711    1810    1830    1837    1823    1781    1690    1638    1560    1489    1257    854 731 631 589 551 497 439 404 369 301 231 168 123 76  58  50  42  28  20  11  9   9   24  27  27  27  27  27  25  18  18  18  18  18  18  18  18  18  18  18  18  18  14  5   0   0
Zv9_NA124   2578    3678    5'to3'ExonIntron    0   +   1100    0 423   407 401 377 357 345 324 304 249 185 111 54  30  12  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   9   9   9   9   14  18  25  27  27  27  27  27  27  27  27  27  27  27  26  18  18  18  18  18  18  16  4   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   8   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   2   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
Zv9_NA129   4939    6039    5'to3'IntronExon    0   +   1100    226 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   4   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   9   14  34  45  60  97  128 175 293 395 524 621 764 894 1036    1164    1334    1469    1639    1801    1885    1983
Zv9_NA132   12589   13689   5'to3'ExonIntron    0   -   1100    0 0 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
Zv9_NA132   13634   14734   5'to3'IntronExon    0   -   1100    0 0 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
Zv9_NA132   14481   15581   5'to3'ExonIntron    0   -   1100    0 0 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   5   9   9   9   9   9   9   9   9   9   5   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
Zv9_NA132   19534   20634   5'to3'IntronExon    0   -   1100    0 0 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
Zv9_NA132   28708   29808   5'to3'ExonIntron    0   -   1100    0 0 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   5   9   15  18  24  27  42  46  73  112 142 157 162 162 162 162 162 162 162 162 159 153 153 153 153 153 150 144 132 112 76  52  30  25  1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0

私はこれを次のようにRに入れます：

> dat <- read.table("dat.dat",header=F)

列4で解析された、列9から118の平均を取得する必要があります。

これは機能します：

> all_means <- aggregate(cbind(V9,V10,V11)~V4,data=dat,FUN=mean)

                V4 V9  V10 V11
1 5'to3'ExonIntron  0 0.00   0
2 5'to3'IntronExon  0 0.75   1

しかし、これをV118に入力する方法はありません。

私はこれを試しました：

> aggregate(cbind(9:118)~V4,data=blah,FUN=mean)

しかし、私はこのエラーを受け取ります：

Error in model.frame.default(formula = cbind(9:118) ~ V4, data = blah) : 
  variable lengths differ (found for 'V4')

私が見逃している何か馬鹿なことはありますか？

4

3 に答える 3

3

いくつかのオプションがあります。

.データのサブセットを使用して数式を作成し、渡します

aggregate( . ~ V4, data = dat[,c(4,9:118)], FUN = mean)

を使用して列名のベクトルを作成することもできますpaste

nn <- paste0('V', 9:118)

列名で参照します

aggregate( . ~ V4, data = dat[,c('V4',nn)], FUN = mean)

数式アプローチが機能することを考えると、ここで使用する意味はあまりありませんcbindが、たとえば。

aggregate( do.call(cbind,lapply(nn, as.name)) ~ V4, data = dat, FUN = mean)

しかし、これは列に適切な名前を付けていないため、面倒です。（そしてフォローするのは難しいです）

于 2013-03-27T03:01:14.987 に答える
3

速度が一般的に問題であり（この操作には必要ありません）、data.tableパッケージを使用する場合、これは次のように実行されます。

より安全なソリューション

mnelのコメントのおかげで、私はそれを使用します：

library(data.table)
dat <- as.data.table(dat)
dat[,lapply(.SD,mean),by="V4",.SDcols=paste0("V", 9:118)]

古いソリューション

dat[,lapply(.SD,mean),by="V4",.SDcols=9:118]
于 2013-03-27T03:11:15.307 に答える
1

使用できます

## S3 method for class 'data.frame'
aggregate(x, by, FUN, ..., simplify = TRUE)

データがデータフレーム内にあることを前提としたデータDF

DF <- read.table(text = txt, header = FALSE, stringsAsFactors = FALSE)
result <- aggregate(DF[, 9:118], by = list(DF[, 4]), FUN = mean)

# Using pander to print result table nicely. It's not needed for aggregation :)
require(pander)
pandoc.table(result)
## 
## ----------------------------------------------------
##     Group.1       V9    V10   V11   V12   V13   V14 
## ---------------- ----- ----- ----- ----- ----- -----
## 5'to3'ExonIntron 161.9  148   131  122.7 109.7 98.1 
## 
## 5'to3'IntronExon  0.0    0     0    0.0   0.0   0.0 
## ----------------------------------------------------
## 
## Table: Table continues below
## 
##  
## -----------------------------------------------
##  V15   V16   V17   V18   V19   V20   V21   V22 
## ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- -----
## 81.5  66.6  52.3  39.5  26.1  18.7  12.4   9.3 
## 
##  0.0   0.0   0.0   0.0   0.0   0.0   0.0   0.0 
## -----------------------------------------------
## 
## Table: Table continues below
## 
##  
## -----------------------------------------------
##  V23   V24   V25   V26   V27   V28   V29   V30 
## ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- -----
##  7.2   4.6   1.8   0.4    0     0     0    0.5 
## 
##  0.0   0.0   0.0   0.0    0     0     0    0.0 
## -----------------------------------------------
## 
## Table: Table continues below
## 
##  
## -----------------------------------------------
##  V31   V32   V33   V34   V35   V36   V37   V38 
## ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- -----
##  0.9   1.5   1.8   2.4   2.7    5    6.4   9.1 
## 
##  0.0   0.0   0.0   0.0   0.0    0    0.0   0.0 
## -----------------------------------------------
## 
## Table: Table continues below
## 
##  
## -----------------------------------------------
##  V39   V40   V41   V42   V43   V44   V45   V46 
## ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- -----
##  13   16.2  19.2  21.5   23   24.7   28   29.7 
## 
##   0    0.0   0.0   0.0    0    0.0    0    0.0 
## -----------------------------------------------
## 
## Table: Table continues below
## 
##  
## -----------------------------------------------
##  V47   V48   V49   V50   V51   V52   V53   V54 
## ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- -----
## 36.9  45.7  59.5  73.3  89.2  101.3 106.2  114 
## 
##  0.0   0.0   0.0   0.0   0.0   0.0   0.0    0  
## -----------------------------------------------
## 
## Table: Table continues below
## 
##  
## -----------------------------------------------
##  V55   V56   V57   V58   V59   V60   V61   V62 
## ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- -----
## 127.3  134  140.7 148.1 156.2 160.4 167.4 175.7
## 
##  0.0    0    0.0   0.0   0.0   0.0   0.0   0.0 
## -----------------------------------------------
## 
## Table: Table continues below
## 
##  
## -----------------------------------------------
##  V63   V64   V65   V66   V67   V68   V69   V70 
## ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- -----
## 183.9 183.1 183.7 182.3 178.1  169  163.8 156.7
## 
##  0.0   0.0   0.0   0.0   0.0    0    0.0   0.0 
## -----------------------------------------------
## 
## Table: Table continues below
## 
##  
## -----------------------------------------------
##  V71   V72   V73   V74   V75   V76   V77   V78 
## ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- -----
## 149.8 126.6 86.3  74.0  64.0  59.8  56.0  50.6 
## 
##  0.7   0.9   0.9   1.5   1.8   1.8   1.8   1.8 
## -----------------------------------------------
## 
## Table: Table continues below
## 
##  
## -----------------------------------------------
##  V79   V80   V81   V82   V83   V84   V85   V86 
## ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- -----
## 45.6  42.2  38.7  31.9  24.9  18.6  14.1   9.4 
## 
##  1.8   1.8   1.8   1.8   1.8   1.8   2.2   2.7 
## -----------------------------------------------
## 
## Table: Table continues below
## 
##  
## -----------------------------------------------
##  V87   V88   V89   V90   V91   V92   V93   V94 
## ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- -----
##  7.6   6.2   5.1   3.7   2.9   2.5   2.7   2.7 
## 
##  2.7   2.7   2.7   2.7   2.7   2.7   2.2   0.9 
## -----------------------------------------------
## 
## Table: Table continues below
## 
##  
## --------------------------------------------------
##  V95   V96   V97   V98   V99   V100   V101   V102 
## ----- ----- ----- ----- ----- ------ ------ ------
##  4.2   4.5   4.5   4.5   4.5   4.5    4.3    2.5  
## 
##  0.9   0.9   0.9   1.4   4.1   5.4    6.9    10.6 
## --------------------------------------------------
## 
## Table: Table continues below
## 
##  
## -------------------------------------------------------
##  V103   V104   V105   V106   V107   V108   V109   V110 
## ------ ------ ------ ------ ------ ------ ------ ------
##  1.8    1.8    1.8    1.8    1.8    1.8    1.8    1.8  
## 
##  13.7   18.4   30.2   40.4   53.3   63.0   77.3   90.3 
## -------------------------------------------------------
## 
## Table: Table continues below
## 
##  
## -------------------------------------------------------
##  V111   V112   V113   V114   V115   V116   V117   V118 
## ------ ------ ------ ------ ------ ------ ------ ------
##  1.8    1.8    1.8    1.8    1.4    0.5    0.0    0.0  
## 
## 104.5  117.3  134.3  147.8  164.8  181.0  189.4  199.2 
## -------------------------------------------------------
##
于 2013-03-27T04:03:47.077 に答える