Mac OS X での Java コマンドの出力には、「"/usr" で $JAVA_HOME が見つかりません。システム提供の Java を続行しています...」というプレフィックスが付きます。例えば、
$ java -version 「/usr」で $JAVA_HOME が見つかりません。システム提供の Java を続行します... Java バージョン「1.6.0_43」 Java(TM) SE ランタイム環境 (ビルド 1.6.0_43-b01-447-11M4203) Java HotSpot(TM) 64 ビット サーバー VM (ビルド 20.14-b01-447、混合モード)