maven-assembly-plugin を使用して uberjar をビルドし、アセンブリ記述子を使用していると思います。やりたいことは、"pom.xml" という名前のファイルを除外するように (アセンブリ記述子を介して) アセンブリ プラグインに指示することです。例えば:
<assembly>
<id>bin</id>
<formats>
<format>jar</format>
</formats>
<includeBaseDirectory>false</includeBaseDirectory>
<fileSets>
<fileSet>
<directory>target/classes</directory>
<outputDirectory>/</outputDirectory>
</fileSet>
</fileSets>
<dependencySets>
<dependencySet>
<outputDirectory>/</outputDirectory>
<unpack>true</unpack>
<unpackOptions>
<excludes>
<exclude>**/pom.xml</exclude>
</excludes>
</unpackOptions>
<scope>runtime</scope>
<useProjectArtifact>false</useProjectArtifact>
</dependencySet>
</dependencySets>
</assembly>
ここで重要なのは、「unpackOptions」セクションとそこに含まれる除外です。
それが役に立てば幸いです。そうであれば、評判ポイントを獲得できるように、私の答えを正しいものとしてマークすることを忘れないでください。