Sinatra と Coffeescript のこのパッケージをいじっていますが、アセット パイプラインをクリアできないようです。backbone.js を最新バージョンに更新すると、アプリ (で実行shotgun watch) は、置き換えた backbone.js のバージョンを引き続き提供します。
アセット パックをクリアするための rake コマンドまたは何かがあると確信していますが、どのドキュメントにも見つかりません。
rake assets:cleanrake はそのタスクを認識していないと言っています。