この答えを見つけようとしましたが、DOM構造を調べた後、この解決策を思いつきました。ボタンをクリックしてテーマを切り替えるための以下の関数を作成しました。ホバー クラスは、クリックしている同じボタンのテーマを変更する場合にのみ対処する必要があります。これらは、入力タイプのボタン要素で機能するようです。(jqm バージョン 1.3.2)
function changeButtonTheme(buttonSelector,toTheme){
var currentTheme = $(buttonSelector).attr('data-theme');
var parent = $(buttonSelector).parent();
$(buttonSelector).attr("data-theme", toTheme).removeClass("ui-btn-up-"+currentTheme).addClass("ui-btn-up-"+toTheme);
parent.attr("data-theme", toTheme).removeClass("ui-btn-up-"+currentTheme).addClass("ui-btn-up-"+toTheme);
//parent.removeClass("ui-btn-hover-"+currentTheme).addClass("ui-btn-hover-"+toTheme);
}