r - Gviz の注釈トラック

Question

bioconductorパッケージを使用した経験のある人はいますか: を直接上Gvizに追加する方法を知っていますか?AnnotationTrackDataTrack

たとえば、ggplot2+ を使用して既存のプロットに追加geom_textできますが、同様の機能を見つけることができませんでしたGviz

ありがとう！

Answer 1

希望どおりではありませんが、考えられる解決策の 1 つはHighlightTrack、関心のある領域をカバーする を追加することです。これは特に重要な要素にラベルを付けたりDataTrack、 に追加したりするわけではありませんが、異なるDataTracks.

例：

library(Gviz)
library(GenomicRanges)
data(geneModels)
data(cpgIslands)
gen <- genome(cpgIslands)
chr <- 1
start <- 120005434
end <- 129695434
itrack <- IdeogramTrack(genome = gen, chromosome = chr)
gtrack <- GenomeAxisTrack()
grtrack <- GeneRegionTrack(geneModels, genome = gen, chromosome = chr, name = "foo")
htrack <- HighlightTrack(trackList = list(gtrack, grtrack), start = 121535434, end = 124535434, chromosome = chr)
plotTracks(list(itrack, htrack), from = start, to = end)

グラフィック出力

grtrackは空ですが、 が指定された範囲 (この場合は and ) にどのようにHighlightTrack及ぶDataTracksかgrtrackを示していますgtrack。

詳細については、GViz のドキュメントを参照してください。