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以下は、私の R セッションを一貫してクラッシュさせます。
Ubuntu と Mac OS X の 2 つのマシンでテストされ、両方で同様の結果が得られました。

簡単な説明:すべての NA の factor 列を持つ data.frame を
呼び出します。write.table

元のデータ セットはかなり大きいため、問題のある列を分離して、PROBLEM_DATA以下の名前の同様のベクトルを作成しました。これにより、同じクラッシュが発生します。

興味深いことに、R完全にクラッシュすることもあれば、単に次のエラーがスローされることもあります。

Error in write.table(x, file, nrow(x), p, rnames, sep, eol, na, dec, as.integer(quote),  : 
  'getCharCE' must be called on a CHARSXP

クラッシュの原因について何か考えはありますか、それともバグとして提出する必要がありますか?

問題のあるデータと呼び出し:

PROBLEM_DATA <- structure(114:116, .Label = c("String1", "String2", "String3", "String4", "String5", "String6", 
                   "String7", "String8", "String9", "String10", "String11", "String12", "String13", "String14", "String15"), class = "factor")

# This will cause a crash
write.table(PROBLEM_DATA, file=path.expand("~/test.csv"))

# This will also crash
write.table(PROBLEM_DATA, file=path.expand("~/test.csv"), fileEncoding="UTF-8")

各マシンのセッション情報

ブントゥ

R version 2.15.3 (2013-03-01)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C         LC_TIME=C            LC_COLLATE=C        
 [5] LC_MONETARY=C        LC_MESSAGES=C        LC_PAPER=C           LC_NAME=C           
 [9] LC_ADDRESS=C         LC_TELEPHONE=C       LC_MEASUREMENT=C     LC_IDENTIFICATION=C 

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] gdata_2.12.0     ggplot2_0.9.3    stringr_0.6.1    RMySQL_0.9-3     DBI_0.2-5       
[6] data.table_1.8.8

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] MASS_7.3-23        RColorBrewer_1.0-5 colorspace_1.2-0   dichromat_1.2-4   
 [5] digest_0.5.2       grid_2.15.3        gtable_0.1.1       gtools_2.7.0      
 [9] labeling_0.1       munsell_0.4        plyr_1.7.1         proto_0.3-9.2     
[13] reshape2_1.2.1     scales_0.2.3       tools_2.15.3

Mac OS X

R version 2.15.3 (2013-03-01)
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
4

2 に答える 2

9

これは再現性の高いバグであり、R-devel または を使用して報告する必要がありますbug.report()。FWIWオン

> sessionInfo()
R version 3.0.0 Patched (2013-04-03 r62485)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

Linux で R を CFLAGS="-g -O0" で構成すると、次のことができます。

R -d gdb
(gdb) break Rf_error
(gdb) run

次に、上に行を貼り付けて、

> write.table(PROBLEM_DATA, file=path.expand("~/test.csv"))

Breakpoint 1, Rf_error (format=0x7ffff7a8f0f0 "'%s' must be called on a CHARSXP") at /home/mtmorgan/src/R-3-0-branch/src/main/errors.c:753
753     RCNTXT *c = R_GlobalContext;
(gdb) up 3
#3  0x00007ffff1b9bfb3 in EncodeElement2 (x=0x31ccf50, indx=113, quote=TRUE, qmethod=TRUE, buff=0x7fffffffbdc0, cdec=46 '.')
    at /home/mtmorgan/src/R-3-0-branch/src/library/utils/src/io.c:938
938     p0 = translateChar(STRING_ELT(x, indx));
(gdb) call Rf_PrintValue(x)
 [1] "String1"  "String2"  "String3"  "String4"  "String5"  "String6" 
 [7] "String7"  "String8"  "String9"  "String10" "String11" "String12"
[13] "String13" "String14" "String15"
(gdb) p indx
$1 = 113

これは、R が因子名の 114 番目の要素を出力しようとしていることを示しています。因子がそのレベルの長さを超える整数値を持っているため、明らかに問題が発生しています。

于 2013-04-04T21:08:58.250 に答える
1

答えではありませんが、長いコメントです：

PROBLEM_DATA <- structure(c(1:5,114:116), .Label = c("String1", "String2", "String3",'string4','str5','str6','str7'),class='factor')
Rgames> as.numeric(PROBLEM_DATA)
[1]   1   2   3   4   5 114 115 116
Rgames> as.numeric(as.character(PROBLEM_DATA))
[1] NA NA NA NA NA NA NA NA
Warning message:
NAs introduced by coercion 
Rgames> levels(PROBLEM_DATA)
[1] "String1" "String2" "String3" "string4" "str5"    "str6"    "str7"   
Rgames> write.table(PROBLEM_DATA, file=path.expand("~/ctest.csv"))
Error in write.table(x, file, nrow(x), p, rnames, sep, eol, na, dec, as.integer(quote),  : 
  'getCharCE' must be called on a CHARSXP

ctest.csv内容: (Excel に関する限り、各行は 1 つのセルです)

x
1 "String1"
2 "String2"
3 "String3"
4 "string4"
5 "str5"
6

したがって、レベルの基礎となる番号付けに「ギャップ」があると、何かがうまくいかないことがわかります。これが、私よりも多くの要因を理解している誰かの手がかりになることを願っています.

于 2013-04-04T18:20:04.277 に答える