Ports And Adapters ArchitectureやOnion Architectureのようなソリューション構造があります。コンポジション ルート (この場合は Web アプリケーション) とインフラストラクチャ ライブラリは、コア ライブラリのみを参照します。
Castle Windsor を使用して、実行時にインフラストラクチャ ライブラリを読み込むこともできます。ただし、コンポジション ルートでこれらのライブラリを参照していないため、ビルド出力は出力フォルダーにコピーされません。カスタムビルドステップが必要だと思いますが、これを達成する方法がわかりません。