lmFit と eBayes と topTable から取得した 2 つの行列があります。1 つは堅牢で、もう 1 つはそうではありません。P.Value がしきい値よりも小さい 2 つの行列のそれぞれから行を選択しました。ベン図を使用して、結果として得られる 2 つの行列を比較し、2 つの行に共通する行を確認したいと考えています。
pval.thr = 0.1
fit2 <- lmFit(expMat, design, method = "robust", na.omit = T)
fit2 <- eBayes(fit2)
res = topTable(fit2, coef = 2, adjust.method = "bonferroni", number = "All", sort.by = "p")
と
fit3 <- lmFit(expMat, design, method = "ls", na.omit = T)
fit3 <- eBayes(fit3)
res = topTable(fit3, coef = 2, adjust.method = "bonferroni", number = "All", sort.by = "p")
データは次のようになります。
ID logFC AveExpr t P.Value adj.P.Val B
T 0.059335247 0.154239328 3.749658724 0.000686454 0.105713938 -0.618554935
H 0.123237308 0.554763583 2.889360548 0.006797704 1 -2.795346287
C -0.083833815 0.303813845 -2.880403408 0.006953066 1 -2.814922167
V -0.321277798 1.242826381 -2.754181612 0.009528321 1 -3.103478276
I 0.049515688 0.210959268 2.673704857 0.011608836 1 -3.288163042
A -0.591708802 2.968364189 -2.653517946 0.012193179 1 -3.328550805
S -0.202304813 0.698173244 -2.479078257 0.018499401 1 -3.698704926
B -0.0363145 0.139366103 -2.439974357 0.020272635 1 -3.794860792
それを行う方法はありますか?
これまでvennCountを調べてきましたが、2つの異なるマトリックスでそれを使用する方法がわかりませんでした. 役立つ可能性のある別のパッケージまたはメソッドがあれば、それも喜んで調査します。