命令には何でも配置できるため、Embeded-Dependency はエラーを表示しませんでした。キーと値のペアが不明な場合は、MANIFEST.MF にそのまま挿入されます。Embed-Dependency を書いてみてください。
良い例は次のようになります (自分たちで hibernate バンドルを作成した方法)。
<plugin>
<groupId>org.apache.felix</groupId>
<artifactId>maven-bundle-plugin</artifactId>
<extensions>true</extensions>
<configuration>
<instructions>
<Bundle-SymbolicName>${project.artifactId}</Bundle-SymbolicName>
<_exportcontents>
!org.hibernate.validator.*,
org.hibernate.*;-noimport:=true,
</_exportcontents>
<Import-Package>
javax.persistence*;version="1.1.0",
javax.naming*,
javax.sql,
javax.transaction*;version="1.1.0",
javax.xml.stream.*,
javax.xml.*,
org.slf4j,
org.w3c.dom,
org.xml.sax*,
antlr.*,
org.jboss.logging.*,
org.dom4j*,
*;resolution:=optional
</Import-Package>
<Embed-Dependency>
groupId=org.hibernate;artifactId=hibernate-core,
groupId=org.hibernate;artifactId=hibernate-entitymanager,
groupId=org.hibernate.common;artifactId=hibernate-commons-annotations
</Embed-Dependency>
</instructions>
</configuration>
</plugin>