簡単に言えば、コンパイル済みの実行可能ファイルを Java jar ファイル内に貼り付けて、それを Java から (おそらく 経由で) 実行できるようにする必要がありますProcessBuilder。
その理由は、画像処理 Elastic Map Reduce ジョブのコンポーネントとして ImageMagick 実行可能ファイルの周りに Java ラッパーを使用したいからです。EMR は jar ファイルのみを想定しているため、起動するデータ ノードにソフトウェアをインストールする余地はないと思います。