距離行列を使用したクラスタリングについて質問がありますが、疎です。
行列を拡張せず、スパース表現で機能するスパース距離オブジェクト形式はありますか?
現在、私は次のことを行っています
# read sparse matrix
sparse <- readMM('sparse-matrix')
distance <- as.dist(sparse)
sparse-matrix は既に正しい距離行列であり、接続されていないエントリには NA があります。
>sparse
[1,] . . .
[2,] 1 . .
[3,] 1 . .
> as.dist(sparse)
1 2
2 1
3 1 0
しかし、 as.dist で変換すると失敗します
asMethod(object) のエラー: 負の長さのベクトルは許可されていません
おそらく、マトリックスを完全な形に展開するためです。行列 (NxN) のサイズは N = 49281 です。この形式は、たとえば hclust メソッドで必要です (dist オブジェクト)。
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