python - Rpy2 から R クラスタリングへの距離行列のフィード

Question

numpy/scipy に次のカスタムメイドの NxN 距離行列があります。

dist_matrix =    array([array([5, 4, 2, 3, 2, 3]),
                        array([4, 5, 2, 3, 2, 2]), 
                        array([2, 2, 5, 2, 2, 1]), 
                        array([3, 3, 2, 5, 4, 2]), 
                        array([2, 2, 2, 4, 5, 1]), 
                        array([3, 2, 1, 2, 1, 5])])

このマトリックスを使用して、R/ggplot2 で階層クラスタリングを実行し、デンドログラムをプロットするにはどうすればよいですか? この距離行列を rpy2 経由で R に次のようにフィードしようとすると:

r.hclust(dist_matrix)

エラーが発生します：

   res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs)
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") : 
  missing value where TRUE/FALSE needed