Rでは、ファミリglmのデフォルトのリンク関数は、およびです。今、私の特定の質問のために、応答と修正されたリンク関数を の形式でガンマ回帰を使用する必要があります。したがって、R の に関連する関数をいくつか変更することを検討しています。関連する可能性のある関数がいくつかあります。以前にこれを行った経験がある人の助けを求めています。GammainverseidentitylogYlog(E(Y)-1))glm
たとえば、関数Gammaは次のように定義されます。
function (link = "inverse")
{
linktemp <- substitute(link)
if (!is.character(linktemp))
linktemp <- deparse(linktemp)
okLinks <- c("inverse", "log", "identity")
if (linktemp %in% okLinks)
stats <- make.link(linktemp)
else if (is.character(link))
stats <- make.link(link)
else {
if (inherits(link, "link-glm")) {
stats <- link
if (!is.null(stats$name))
linktemp <- stats$name
}
else {
stop(gettextf("link \"%s\" not available for gamma family; available links are %s",
linktemp, paste(sQuote(okLinks), collapse = ", ")),
domain = NA)
}
}
variance <- function(mu) mu^2
validmu <- function(mu) all(mu > 0)
dev.resids <- function(y, mu, wt) -2 * wt * (log(ifelse(y ==
0, 1, y/mu)) - (y - mu)/mu)
aic <- function(y, n, mu, wt, dev) {
n <- sum(wt)
disp <- dev/n
-2 * sum(dgamma(y, 1/disp, scale = mu * disp, log = TRUE) *
wt) + 2
}
initialize <- expression({
if (any(y <= 0)) stop("non-positive values not allowed for the 'gamma' family")
n <- rep.int(1, nobs)
mustart <- y
})
simfun <- function(object, nsim) {
wts <- object$prior.weights
if (any(wts != 1))
message("using weights as shape parameters")
ftd <- fitted(object)
shape <- MASS::gamma.shape(object)$alpha * wts
rgamma(nsim * length(ftd), shape = shape, rate = shape/ftd)
}
structure(list(family = "Gamma", link = linktemp, linkfun = stats$linkfun,
linkinv = stats$linkinv, variance = variance, dev.resids = dev.resids,
aic = aic, mu.eta = stats$mu.eta, initialize = initialize,
validmu = validmu, valideta = stats$valideta, simulate = simfun),
class = "family")
}
また、コマンドを使用するには、関数glm(y ~ log(mu), family = Gamma(link = MyLink))も変更する必要がありますか? glm.fitありがとうございました！
更新と新しい質問
@Ben Bolker のコメントによると、vlog(本名で"log(exp(y)-1)") という名前の新しいリンク関数を作成する必要があります。make.link関数がそのような変更の原因である可能性があることがわかりました。次のように定義されます。
function (link)
{
switch(link, logit = {
linkfun <- function(mu) .Call(C_logit_link, mu)
linkinv <- function(eta) .Call(C_logit_linkinv, eta)
mu.eta <- function(eta) .Call(C_logit_mu_eta, eta)
valideta <- function(eta) TRUE
},
...
}, log = {
linkfun <- function(mu) log(mu)
linkinv <- function(eta) pmax(exp(eta), .Machine$double.eps)
mu.eta <- function(eta) pmax(exp(eta), .Machine$double.eps)
valideta <- function(eta) TRUE
},
...
structure(list(linkfun = linkfun, linkinv = linkinv, mu.eta = mu.eta,
valideta = valideta, name = link), class = "link-glm")
}
私の質問は次のとおりです。このリンク関数をに永続的に追加して、各 R セッションで直接使用できるようにする場合、 を使用してから、 の定義をその本体に追加しますか? それとも、現在の R セッションでのみ行うことができますか? 再度、感謝します！vlogglmglm(y~x,family=Gamma(link="log(exp(y)-1)"))fix(make.link)vlogfix()
もう 1 つ:おそらく別の機能を変更する必要があることを認識しています。それはGamma、次のように定義されます
function (link = "inverse")
{
linktemp <- substitute(link)
if (!is.character(linktemp))
linktemp <- deparse(linktemp)
okLinks <- c("inverse", "log", "identity")
if (linktemp %in% okLinks)
stats <- make.link(linktemp)
else if (is.character(link))
stats <- make.link(link)
else {
if (inherits(link, "link-glm")) {
stats <- link
if (!is.null(stats$name))
linktemp <- stats$name
}
else {
stop(gettextf("link \"%s\" not available for gamma family; available links are %s",
linktemp, paste(sQuote(okLinks), collapse = ", ")),
domain = NA)
}
}
variance <- function(mu) mu^2
validmu <- function(mu) all(mu > 0)
dev.resids <- function(y, mu, wt) -2 * wt * (log(ifelse(y ==
0, 1, y/mu)) - (y - mu)/mu)
aic <- function(y, n, mu, wt, dev) {
n <- sum(wt)
disp <- dev/n
-2 * sum(dgamma(y, 1/disp, scale = mu * disp, log = TRUE) *
wt) + 2
}
initialize <- expression({
if (any(y <= 0)) stop("non-positive values not allowed for the 'gamma' family")
n <- rep.int(1, nobs)
mustart <- y
})
simfun <- function(object, nsim) {
wts <- object$prior.weights
if (any(wts != 1))
message("using weights as shape parameters")
ftd <- fitted(object)
shape <- MASS::gamma.shape(object)$alpha * wts
rgamma(nsim * length(ftd), shape = shape, rate = shape/ftd)
}
structure(list(family = "Gamma", link = linktemp, linkfun = stats$linkfun,
linkinv = stats$linkinv, variance = variance, dev.resids = dev.resids,
aic = aic, mu.eta = stats$mu.eta, initialize = initialize,
validmu = validmu, valideta = stats$valideta, simulate = simfun),
class = "family")
}
見直す必要もあると思います
okLinks <- c("inverse", "log", "identity")
に
okLinks <- c("inverse", "log", "identity", "log(exp(y)-1)")
?