hadoop - カスタム実行可能ファイルで EMR Hadoop ストリーミングジョブを実行できない

Question

編集：

namenode のログを見ると、定期的に例外が発生していることに気付きました。それは関連性がありますか？

2013-04-10 19:23:50,613 WARN org.apache.hadoop.security.ShellBasedUnixGroupsMapping (IPC Server handler 43 on 9000): got exception trying to get groups for user job_201304101854_0005
org.apache.hadoop.util.Shell$ExitCodeException: id: job_201304101854_0005: No such user

    at org.apache.hadoop.util.Shell.runCommand(Shell.java:255)
    at org.apache.hadoop.util.Shell.run(Shell.java:182)
    at org.apache.hadoop.util.Shell$ShellCommandExecutor.execute(Shell.java:375)
    at org.apache.hadoop.util.Shell.execCommand(Shell.java:461)
    at org.apache.hadoop.util.Shell.execCommand(Shell.java:444)
    at org.apache.hadoop.security.ShellBasedUnixGroupsMapping.getUnixGroups(ShellBasedUnixGroupsMapping.java:78)
    at org.apache.hadoop.security.ShellBasedUnixGroupsMapping.getGroups(ShellBasedUnixGroupsMapping.java:53)
    at org.apache.hadoop.security.Groups.getGroups(Groups.java:79)
    at org.apache.hadoop.security.UserGroupInformation.getGroupNames(UserGroupInformation.java:1037)
    at org.apache.hadoop.hdfs.server.namenode.FSPermissionChecker.<init>(FSPermissionChecker.java:50)
    at org.apache.hadoop.hdfs.server.namenode.FSNamesystem.checkPermission(FSNamesystem.java:5218)
    at org.apache.hadoop.hdfs.server.namenode.FSNamesystem.checkTraverse(FSNamesystem.java:5201)
    at org.apache.hadoop.hdfs.server.namenode.FSNamesystem.getFileInfo(FSNamesystem.java:2030)
    at org.apache.hadoop.hdfs.server.namenode.NameNode.getFileInfo(NameNode.java:850)
    at sun.reflect.GeneratedMethodAccessor3.invoke(Unknown Source)
    at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:25)
    at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:597)
    at org.apache.hadoop.ipc.RPC$Server.call(RPC.java:573)
    at org.apache.hadoop.ipc.Server$Handler$1.run(Server.java:1393)
    at org.apache.hadoop.ipc.Server$Handler$1.run(Server.java:1389)
    at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
    at javax.security.auth.Subject.doAs(Subject.java:396)
    at org.apache.hadoop.security.UserGroupInformation.doAs(UserGroupInformation.java:1132)
    at org.apache.hadoop.ipc.Server$Handler.run(Server.java:1387)
2013-04-10 19:23:50,614 INFO org.apache.hadoop.security.ShellBasedUnixGroupsMapping (IPC Server handler 43 on 9000): add job_201304101854_0005 to shell userGroupsCache
2013-04-10 19:23:50,614 WARN org.apache.hadoop.security.UserGroupInformation (IPC Server handler 43 on 9000): No groups available for user job_201304101854_0005
2013-04-10 19:23:55,886 WARN org.apache.hadoop.security.UserGroupInformation (IPC Server handler 46 on 9000): No groups available for user job_201304101854_0005

map と reduce を行うカスタムバイナリを作成し、常識的な "cat file | map | sort | reduce > output" パターンを使用して正しい動作をテストしました。バイナリを静的にコンパイルして、可能な限り多くの依存関係を取り込むようにしました。また、バイナリをマスターに手動でアップロードすることにより、バイナリが Amazon の EMR AMI で実行されることも確認しました。関連する場合、選択した言語は Haskell であり、コンパイル結果は単純なネイティブのバイナリ実行可能ファイルになります。

最も単純なケースを取り上げます。

bin/hadoop jar contrib/streaming/hadoop-streaming.jar \
    -input s3n://path/to/input \
    -output s3n://path/to/output \
    -mapper "s3n://path/to/Program map" \
    -reducer "s3n://path/to/Program reduce"

ジョブは開始されますが、マップ 0% フェーズでスタックし、動きません。そこから先に進むことはなく、どのログも有用なものを示していないようです。各マップタスクは、600 秒で「レポートが返されない」ため強制終了されます。各マッパーは、0% の完了を示しながら、そのステータスとして次のようなものを示します。

s3n://path/to/file.csv.gz:0+38175575

カウンタセクションには、s3n から読み取った 17.5KB のようなものが表示されます。

テストするためにジョブを次のように変更するとします。

bin/hadoop jar contrib/streaming/hadoop-streaming.jar \
    -input s3n://path/to/input \
    -output s3n://path/to/output \
    -mapper s3n://elasticmapreduce/samples/wordcount/wordSplitter.py \
    -reducer aggregate

その後、マッパーフェーズは 100% 終了しますが、リデューサーは次の例外を発生させます。

java.io.IOException: exception in uploadSinglePart
    at org.apache.hadoop.fs.s3native.MultipartUploadOutputStream.uploadSinglePart(MultipartUploadOutputStream.java:163)
    at org.apache.hadoop.fs.s3native.MultipartUploadOutputStream.close(MultipartUploadOutputStream.java:219)
    at org.apache.hadoop.fs.FSDataOutputStream$PositionCache.close(FSDataOutputStream.java:70)
    at org.apache.hadoop.fs.FSDataOutputStream.close(FSDataOutputStream.java:96)
    at org.apache.hadoop.mapred.TextOutputFormat$LineRecordWriter.close(TextOutputFormat.java:109)
    at org.apache.hadoop.mapred.ReduceTask$OldTrackingRecordWriter.close(ReduceTask.java:475)
    at org.apache.hadoop.mapred.ReduceTask.runOldReducer(ReduceTask.java:539)
    at org.apache.hadoop.mapred.ReduceTask.run(ReduceTask.java:429)
    at org.apache.hadoop.mapred.Child$4.run(Child.java:255)
    at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
    at javax.security.auth.Subject.doAs(Subject.java:396)
    at org.apache.hadoop.security.UserGroupInformation.doAs(UserGroupInformation.java:1132)
    at org.apache.hadoop.mapred.Child.main(Child.java:249)
Caused by: java.lang.RuntimeException: exception in putObject
    at org.apache.hadoop.fs.s3native.Jets3tNativeFileSystemStore.storeFile(Jets3tNativeFileSystemStore.java:128)
    at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
    at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:39)
    at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:25)
    at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:597)
    at org.apache.hadoop.io.retry.RetryInvocationHandler.invokeMethod(RetryInvocationHandler.java:83)
    at org.apache.hadoop.io.retry.RetryInvocationHandler.invoke(RetryInvocationHandler.java:59)
    at org.apache.hadoop.fs.s3native.$Proxy3.storeFile(Unknown Source)
    at org.apache.hadoop.fs.s3native.MultipartUploadOutputStream.uploadSinglePart(MultipartUploadOutputStream.java:160)
    ... 12 more
Caused by: Status Code: 403, AWS Service: Amazon S3, AWS Request ID: 8220819721FFE29E, AWS Error Code: AccessDenied, AWS Error Message: Access Denied, S3 Extended Request ID: TekkBZzgaBlK0e8SkoC7bcBsu1w7Nbpy2U7hPCGp5IPrrsqaPTxUg7QQ09xTXRYC
    at com.amazonaws.http.AmazonHttpClient.handleErrorResponse(AmazonHttpClient.java:619)
    at com.amazonaws.http.AmazonHttpClient.executeHelper(AmazonHttpClient.java:317)
    at com.amazonaws.http.AmazonHttpClient.execute(AmazonHttpClient.java:170)
    at com.amazonaws.services.s3.AmazonS3Client.invoke(AmazonS3Client.java:2943)
    at com.amazonaws.services.s3.AmazonS3Client.putObject(AmazonS3Client.java:1123)
    at org.apache.hadoop.fs.s3native.Jets3tNativeFileSystemStore.storeFile(Jets3tNativeFileSystemStore.java:121)
    ... 20 more

イライラする部分は、たとえば、同じ種類の EMR クラスターでハイブを実行しても、S3 で新しい外部マップテーブル、したがってファイルを作成する際に問題がないように見えることです。

いくつかのアイデアを試してみましたが、セットアップを機能させるための正しい方向性を教えていただければ幸いです。

ありがとう、OA

score 3 · Accepted Answer

これがあなたの問題である可能性が高いと思います：

-mapper "s3n://path/to/Program map"

空白が問題を引き起こしている可能性が非常に高いです。おそらく、引数を渡すのではなく直接呼び出すことができる、マップ用とリデュース用の 2 つの別個のバイナリを作成してみます。少なくとも、問題を特定するのに役立ちます。

それができない場合、これは S3 パーミッションまたは MIME タイプの問題のように思えます。バケットのアクセス許可をチェックして、EMR ジョブに使用している資格情報がバケットにアクセスできることを確認します。

そこにいることを確認したら、バイナリ自体のアクセス許可とプロパティを確認します。S3 MIME タイプが正しく設定されていないと、奇妙な問題が発生します。たとえば、wordSplitter 情報は次のとおりです。

$ s3cmd info s3://elasticmapreduce/samples/wordcount/wordSplitter.py
s3://elasticmapreduce/samples/wordcount/wordSplitter.py (object):
File size: 294
Last mod:  Wed, 29 Feb 2012 01:50:25 GMT
MIME type: text/x-python
MD5 sum:   f5b4829658cfbcd5fa5eb32c58163fa8

バイナリのデフォルトの MIME タイプが何らかの形で実行を妨げている可能性があります。

hadoop - カスタム実行可能ファイルで EMR Hadoop ストリーミング ジョブを実行できない

1 に答える 1

Related

Reference

hadoop - カスタム実行可能ファイルで EMR Hadoop ストリーミングジョブを実行できない