IsDeleted などのフラグをユーザーに追加できます。次に、ユーザーを削除するときに、フラグを true に設定します。
class User
{
public Guid UserId { get; set; }
// more user properties
public bool IsDeleted { get; set; }
}
削除されていないユーザーを照会します。
var users = DatabaseContext.Users.Where(u => !u.isDeleted );