java - コマンドラインから起動すると、Java の File オブジェクトの絶対パスが異なる

Question

次のコードを含むプログラムがあります。

import java.io.File;
import javax.swing.JOptionPane;

public class Main {

    public static void main(String[] args) {
        File file = new File("config");
        JOptionPane.showMessageDialog(null, file.getAbsolutePath());
        System.out.println(file.getAbsolutePath());
    }
}

これをEclipseでRunnable Jarとしてエクスポートします。/home/username/Desktop/次に、ファイルをUbuntu 13.04 システムとそのディレクトリにコピーしますcd。コマンドを実行するとjava -jar Main.jar、次の出力が得られます。

/home/username/Desktop/config

ここで、chmod を実行して Jar を実行可能にし、Jar をダブルクリックします。ダイアログから次の出力が得られます。

/home/username/config

異なる出力が得られるのはなぜですか? Jar を他のディレクトリに移動すると、同様の結果になります。グーグルと検索SOは、この問題に光を当てていません。