これによると:http://www.jetbrains.com/phpstorm/webhelp/favorites-tool-window.html
新しいブックマークまたはブレークポイントが追加されると、ブックマークとブレークポイントのリストが自動的に入力されます。
ただし、ブックマークとデバッグ ブレークポイントを追加しようとすると、お気に入りツール ウィンドウに追加されません。
ドキュメントが主張しているように、ブックマークとブレークポイントのリストが実際にお気に入りウィンドウに自動的に表示されるようにするにはどうすればよいですか?