2 つのテーブルがあり、最初のテーブルで id_user='N' を持つ 2 番目のテーブルにないレポートのみを、すべて外部キー ID (table1.id、filter_table1.id_table1) で選択したいと考えています。
SELECT * 
FROM table1, filter_table1 
WHERE table1.id!=(SELECT id_table1 FROM filter_table1 WHERE id_user='1') 
    私はむしろ使用するLEFT JOINよりもNOT IN
SELECT  a.*
FROM    table1 a
        LEFT JOIN filter_table1 b
            ON  a.ID = b.id_table1 AND
                b.id_user = 1
WHERE   b.id_table1 IS NULL
    これを試して
SELECT * 
FROM table1, filter_table1 
WHERE table1.id NOT IN (SELECT id_table1 FROM filter_table1 WHERE id_user='1')