Eclipseの Tomcat と同じ問題があります。Tomcat 5.5 サーバーが起動する前に、Tomcat 5.5 サーバーに関連付けられたアプリケーションの実行を開始する限り、実行されますが、とにかく起動中にタイムアウトします。
しかし、Eclipse 内からサーバーを単独で実行すると、Eclipse は起動を認識し、タイムアウトしません。その後、関連付けられたアプリケーションを Eclipse 内から実行することもできます。アプリケーションは、既に起動されているサーバーで正常に起動します。
ちょっとした不便ですが、アプリケーションの実行を選択して起動するとサーバーの起動が認識されず、サーバーを単独で起動すると認識される原因を知っている人はいますか?