最新の CKEditor をダウンロードして、次のことを試しました。
<html>
<head>
<script src="ckeditor/ckeditor.js">
</script>
</head>
<body>
<div id="editor">
Some test text
</div>
<script>
CKEDITOR.disableAutoInline = true;
var editor = CKEDITOR.inline( 'editor' );
</script>
</body>
div をクリックしてエディター ツールバーを表示できるという意味では機能しましたが、それ以外はコンテンツを編集できないようです。ほとんどのツールバー ボタンは無効になっており、フィールドに入力しても何も起こりません。(下のスクリーンショットを参照)
http://nightly.ckeditor.com/13-04-14-07-42/standard/samples/inlinebycode.htmlによると、必要な JS はこれだけです。他に必要な構成設定はありますか？