Shell_exec は PHP では正しく動作しますが、ssh を使用すると出力が返されません。
<?php
echo shell_exec("/usr/bin/ssh -i /tmp/key server 'ls'");
?>
上記のコマンドは bash シェルで正常に動作し、以下は PHP で適切な出力を表示します。
<?php
echo shell_exec("ls");
?>
サードパーティのphpライブラリを使用せずにこれができることを望んでいました...