Kobold2d では、Cocos2d では appDelegate にある特定の関数が config.lua ファイルにあります。そして、これにより、cocos2d の最初のシーンとして Cocos Builder を初期化するという問題の原因がわかりました。この行を (アプリのデリゲートで) 置き換えます。
[director runWithScene: [IntroLayer scene]];
と
[director runWithScene: [CCBReader sceneWithNodeGraphFromFile:@"MainMenuScene.ccbi"]];
しかし、これはすべて Kobold2d に隠されています - FirstSceneClassName = "HelloWorldLayer"
config.lua ファイルで置き換えられます。
これを回避するバグのない方法を知っている人はいますか?