配列上でそれらの間の隣接するサフィックスのすべてのペアの lcp の最小値を計算するだけでは、2 つのサフィックスの LCP を見つけることはできません。
次の助けを借りて、任意の接尾辞 (i,j) の LCP を計算できます。
LCP(suffix i,suffix j)=LCP[RMQ(i + 1; j)]
また、 必ずしも等しいとは(i<j)
限りませんのでご注意ください。RMQ はRange Minimum Query です。LCP (suff i,suff j)
LCP (Suff j,suff i)
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Details:
ステップ 1:
最初に隣接/連続サフィックス ペアの LCP を計算します。
n= 文字列の長さ。
suffixArray[] はサフィックス配列です。
void calculateadjacentsuffixes(int n)
{
for (int i=0; i<n; ++i) Rank[suffixArray[i]] = i;
Height[0] = 0;
for (int i=0, h=0; i<n; ++i)
{
if (Rank[i] > 0)
{
int j = suffixArray[Rank[i]-1];
while (i + h < n && j + h < n && str[i+h] == str[j+h])
{
h++;
}
Height[Rank[i]] = h;
if (h > 0) h--;
}
}
}
注: 高さ[i] = (接尾辞 i-1 、接尾辞 i) の LCP です。高さの配列には、隣接するサフィックスの LCP が含まれます。
ステップ2:
RMQ の概念を使用して、任意の 2 つのサフィックス i,j の LCP を計算します。RMQ 事前計算機能:
void preprocesses(int N)
{
int i, j;
//initialize M for the intervals with length 1
for (i = 0; i < N; i++)
M[i][0] = i;
//compute values from smaller to bigger intervals
for (j = 1; 1 << j <= N; j++)
{
for (i = 0; i + (1 << j) - 1 < N; i++)
{
if (Height[M[i][j - 1]] < Height[M[i + (1 << (j - 1))][j - 1]])
{
M[i][j] = M[i][j - 1];
}
else
{
M[i][j] = M[i + (1 << (j - 1))][j - 1];
}
}
}
}
ステップ 3: 任意の 2 つのサフィックス i、j 間の LCP を計算する
int LCP(int i,int j)
{
/*Make sure we send i<j always */
/* By doing this ,it resolve following
suppose ,we send LCP(5,4) then it converts it to LCP(4,5)
*/
if(i>j)
swap(i,j);
/*conformation over*/
if(i==j)
{
return (Length_of_str-suffixArray[i]);
}
else
{
return Height[RMQ(i+1,j)];
//LCP(suffix i,suffix j)=LCPadj[RMQ(i + 1; j)]
//LCPadj=LCP of adjacent suffix =Height.
}
}
RMQ 関数は次のとおりです。
int RMQ(int i,int j)
{
int k=log((double)(j-i+1))/log((double)2);
int vv= j-(1<<k)+1 ;
if(Height[M[i][k]]<=Height[ M[vv][ k] ])
return M[i][k];
else
return M[ vv ][ k];
}
RMQ については、Topcoder のチュートリアルを参照してください。
C++ での完全な実装は、私のブログで確認できます。