JQuery Mobile と Sencha Touch は、ネイティブ アプリケーションのような HTML5 アプリケーションを作成できる JavaScript ライブラリです。Cordova/Phonegap を使用すると、HTML5 アプリをネイティブ コードでラップし、カメラで写真を撮ったり、ユーザーの連絡先を取得したりするなど、ネイティブ機能にアクセスできる共通の JavaScript API を提供できます。Cordova を使用するもう 1 つの利点は、同じ HTML5 アプリを使用してネイティブ アプリケーションを作成できることです。そのため、これらのファイルをアプリ ストアに公開して配布を増やすことができます。JQuery/Sencha Touch のみのアプリでは、ハイブリッド アプリは単なる Web サイトであるため、アプリ ストアで配布することはできません (つまり、モバイル アプリのみになると思います)。
Sencha と jQuery と Dojo など、さまざまな JavaScript フレームワークを比較したブログ記事が何百もあるので、ちょっと読んでみてください。個人的には Dojo をお勧めします。Dojo は最も強力でエンタープライズ対応のフレームワークだと思うからですが、学習曲線が急勾配になる可能性があります。Dojo で私が気に入っている点の 1 つは、ビルド システムです。必要なモジュールを自由に選択できるため、JQuery のような膨大な .js ファイルを含める必要はありません。jQuery がこれを実行できるかどうかはわかりませんが、Cordova と JQuery を使用している多くのユーザー アプリには、jQuery と jQuery mobile のすべてが含まれています。
ネイティブ デバイス機能にアクセスしたり、Web アプリをネイティブ アプリとしてパッケージ化してストアで配布したりする場合は、これらの JavaScript フレームワークのいずれかを Cordova と組み合わせて使用する必要があります。(Cordova は PhoneGap の新しい名前です。) Phonegap/Cordova は実際にはモバイル Web アプリの構築には使用されません。モバイル Web アプリの機能を拡張し、完全にクロス プラットフォームの方法でネイティブ デバイス機能にアクセスできるようにするために使用されます。