.not ("li.level-2") を使用して 2 番目の li .. 運がないことを示してみました
$(document).ready(function() {
// Collapse everything but the first menu:
$("#VerColMenu > li > a").not(":first").find("+ ul").slideUp(1);
//$("#VerColMenu > li > a").not("li.level-2").find("+ ul").slideUp(1);
// Expand or collapse:
$("#VerColMenu > li > a").click(function() {
$(this).find("+ ul").slideToggle("fast");
});
});