r - bbmle パッケージで作成された非線形モデルの残差のプロット

Question

bbmle で構築した非線形モデルの残差プロットを取得しようとしていますが、このタスクにアプローチする方法がわかりません。bble パッケージには、残差に関するいくつかのメモがありますが、ヒストグラムのようなものをプロットする方法はありません。どんな助けでも大歓迎です

Answer 1

Residuals() 関数は機能しているようです。そして、ヒストグラム、qqplot、予測値に対する残差の散布図など、好きなことを行うことができます (predict() にもメソッドがあります)。例えば：

set.seed(1002)
lymax <- c(0,2)
lhalf <- 0
x <- runif(200)
g <- factor(rep(c("a","b"),each=100))
y <- rnbinom(200,mu=exp(lymax[g])/(1+x/exp(lhalf)),size=2)
dat <- data.frame(y,g,x)

fit3 <- mle2(y~dnbinom(mu=exp(lymax)/(1+x/exp(lhalf)),size=exp(logk)),
    parameters=list(lymax~g),
    start=list(lymax=0,lhalf=0,logk=0),
    data=dat)


par(mfrow=c(2,2))
hist(residuals(fit3))
qqnorm(residuals(fit3))
hist(residuals(fit3, type="response"))
qqnorm(residuals(fit3, type="response"))

それとも私はポイントを逃しましたか？