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以下に示すようなサンプルテキストファイルがあります。

>chr1 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr10 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr11 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr12 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>AAEX03020170.1 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAGAAGATAGCTGAA
>AAEX03022270.1 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAGAAGATAGCTGAA
>JH373398.1dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAGAAGATAGCTGAA
>JH373568.1dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAGAAGATAGCTGAA

最初の 4 つはchr1, ,chr10でchr11始まりchr12、残りは一般的なプレフィックスAAEXandで始まりJHます。

で始まる行からすべてのデータを削除したいと思いますAAEX。JHつまり、出力は次のようになります。

>chr1 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr10 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr11 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr12 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

元のファイルには 'AAEX' と 'JH' で始まるこのような行が多数あり、上記のように変換したいと考えています。何か助けはありますか？

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2 に答える 2

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これはうまくいくかもしれません（GNU sed）：

sed -r '/^>(AAEX|JH)/{x;/./{x;d};x;s/.*/>chrX/p;h;d};/^>/{x;s/.*//;x}' file
于 2013-04-25T20:30:05.743 に答える
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これでうまくいくはずです：

$ awk '/>[AJ]/{if(!f++)print ">chrX";next}NF' file
>chr1 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr10 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr11 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chr12 dna:chromosome chromosome:CanFam3.1:1:1:122678785:1 REF
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>chrX
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAGAAGATAGCTGAA
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAGAAGATAGCTGAA
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAGAAGATAGCTGAA
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTGAGAAGATAGCTGAA
于 2013-04-25T13:09:03.680 に答える