現在のディレクトリ内のすべての.pngファイルの名前を変更し、名前変更マップをrenaming-map.txtファイルに保存するには:
$ perl -E'while (<*.png>) { $new = sprintf q(%04d.png), ++$i; say qq($_ $new); 
    rename($_, $new) }' > renaming-map.txt
たとえば、次のディレクトリ コンテンツがあるとします。
$ ls
a.png  b.png  c.png  d.png  e.png  f.png  g.png  h.png  i.png  j.png
以下を生成します。
$ perl -E'while (<*.png>) { $new = sprintf q(%04d.png), ++$i; say qq($_ $new); 
    rename($_, $new) }' 
a.png 0001.png
b.png 0002.png
c.png 0003.png
d.png 0004.png
e.png 0005.png
f.png 0006.png
g.png 0007.png
h.png 0008.png
i.png 0009.png
j.png 0010.png
結果:
$ ls
0001.png  0003.png  0005.png  0007.png  0009.png
0002.png  0004.png  0006.png  0008.png  0010.png
perl が利用可能であれば、Windows と Linux の両方で動作するはずです (Windows では (一重引用符 -> 二重引用符) に置き換えperl -E'...'てperl -E "..."ください)。