.co.uk のようないくつかの tld を考慮して、URL からドメイン (example.com など) だけを抽出する最良の方法は何ですか?
.xx.xx の手動リストだけですか? それともパターンに従っていますか?
3文字未満のドメイン部分を除外するだけだと思いますが、3文字の.org.xxのようなものがあります
はい、TLD ごと (またはドメインごと) のリストが必要になります。それ自体は「手動」である必要はありません。実際、 http://publicsuffix.org/のものを使用することを強くお勧めします。