nodetool compact で構成された Leveled コンパクションを使用して、列ファミリーで Major コンパクションを実行するとどうなりますか?
ドキュメントには次のように記載されています。
コンパクト [キースペース][cf_name]
SizeTieredCompactionStrategy を使用する列ファミリーの場合、キースペース内のすべての列ファミリーの主要な圧縮を直ちに開始します。キースペースの列ファミリーごとに、既存のすべてのSSTableが単一のSSTableに圧縮されます。これにより、かなりのディスク I/O が発生し、一時的に最大 2 倍のディスク領域が使用される可能性があります。オプションで、列ファミリー名のリストを取得します。
これは、階層化圧縮に関連しています。レベリングはどうですか？