.htacces ファイル (codeigniter 用) があるので、index.php ファイル名を含める必要はありません。
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|assets|robots\.txt)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]
これは意図したとおりに機能します。
http://domain.com/controller/methodはhttp://domain.com/index.php/controller/methodになります
ただし、これは意図したものではありません。
http://domain.com/controller/method/?option=yesはhttp://domain.com/index.php/controller/methodになります
クエリ文字列を保持するにはどうすればよいですか?