すべての .NET アプリケーションは、基本的な構成設定と既定値を Machine.config という名前のファイル (systemroot\Microsoft .NET\Framework\versionNumber\CONFIG にあります) から継承します。Machine.config ファイルは、クライアント側/サーバー全体の構成設定 (DB プロバイダー、構成セクションなど) に使用されます。
ASP.NET 構成階層のルートは、ルート Web.config ファイル (machine.config と同じディレクトリ) と呼ばれるファイルです。ルート Web.config ファイルは、Machine.config ファイルのすべての設定を継承します。各 ASP.NET アプリケーションはルートの Web.config ファイルから既定の構成設定を継承するため、既定の設定を上書きする設定用にのみ Web.config ファイルを作成する必要があります。そのため、各 asp.net アプリに巨大な構成ファイルは必要ありません。
したがって、「継承された値と異なるプロパティのみを構成ファイルに書き込む」とは、保存された構成ファイルには、ルート web.config/machine.config にないものだけが含まれることを意味します。
もちろん、もう少し複雑です (スコープ、仮想ディレクトリなど) が、概念はここにあります。