私は現在、これらの同じラベルの特性に応じて、Y 軸のラベルの色を変更して、格子平行プロットをカスタマイズしようとしています。多くの本/フォーラムで説明されているように、カスタマイズされた y.scale.components 関数を作成しました。ただし、新しい色のベクトルを ans$left$labels$col パラメーターに割り当てた後は、デフォルトの色 (黒) のみがプロットに使用されます。
コードは次のとおりです。
test2 <- read.table(textConnection("
species evalue l1 l2 l3
Daphnia.pulex 1.0E-6 17 41 35
Daphnia.pulex 1.0E-10 11 30 25
Daphnia.pulex 1.0E-20 4 14 17
Daphnia.pulex 1.0E-35 4 8 15
Daphnia.pulex 1.0E-50 1 4 8
Daphnia.pulex 1.0E-75 0 2 6
Ixodes.scapularis 1.0E-6 7 20 118
Ixodes.scapularis 1.0E-10 6 17 107
Ixodes.scapularis 1.0E-20 4 6 46
Ixodes.scapularis 1.0E-35 2 3 14
Ixodes.scapularis 1.0E-50 0 0 5
Ixodes.scapularis 1.0E-75 0 0 2
")->con,header=T);close(con)
#data.frame to assign a color to the data, depending on species names on y axis
orga<-c("Daphnia.pulex","Ixodes.scapularis")
color<-c("cornsilk2","darkolivegreen1" );
phylum<-c("arthropoda","arthropoda" );
colorChooser<-data.frame(orga,color,phylum)
#fonction for custom rendering of left y axis labels
yscale.components.custom<-function(...) {
ans<-yscale.components.default(...)
#vector for new label colors, grey60 by default
new_colors<-c()
new_colors<-rep("grey60",length(ans$left$labels$labels))
# the for() check all labels character and assign the corresponding color with the colorChooser data.frame
n<-1
for (i in ans$left$labels$labels) {
new_colors[n]<-as.character(colorChooser$color[colorChooser$orga==i])
#got the color corresponding to the label, with the colorChooser dataframe
n<-n+1
}
print(length(new_colors))
cat(new_colors,sep="\n") #print the content of the generated color vector
ans$left$labels$col<-new_colors #assign this vector to col parameter
ans
}
#plot everything
bwplot( reorder(species,l1,median)~l1,
data=test2,
panel = function(..., box.ratio) {
panel.grid(h=length(colnames(cdata[,annot.arthro]))-1,v=0,col.line="grey80")
panel.violin(..., col = "white",varwidth = FALSE, box.ratio = box.ratio )
panel.bwplot(..., fill = NULL, box.ratio = .07)
},
yscale.components=yscale.components.custom
)
これは、yscale.components.custom 関数に含まれる cat() コマンドの出力です。ご覧のとおり、2 倍のカラー ラベルを出力しますが、ans$left$labels$col に割り当てられたベクトルの長さは 2 です。Y 軸のラベルの色を設定する 2 番目の呼び出しはありますか? それはどこから来たのですか ?
[1] 2
darkolivegreen1
cornsilk2
[1] 2
darkolivegreen1
cornsilk2
色が ans$left$labels$col に割り当てられている理由はわかりませんが、すべてが黒で描かれています。同じcolorChooser data.frameを使用して、バイオリンの境界線の色も変更したいのですが、それは別の話です...