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私は現在、これらの同じラベルの特性に応じて、Y 軸のラベルの色を変更して、格子平行プロットをカスタマイズしようとしています。多くの本/フォーラムで説明されているように、カスタマイズされた y.scale.components 関数を作成しました。ただし、新しい色のベクトルを ans$left$labels$col パラメーターに割り当てた後は、デフォルトの色 (黒) のみがプロットに使用されます。

コードは次のとおりです。

test2 <- read.table(textConnection("

         species  evalue l1 l2  l3
   Daphnia.pulex  1.0E-6 17 41  35
   Daphnia.pulex 1.0E-10 11 30  25
   Daphnia.pulex 1.0E-20  4 14  17
   Daphnia.pulex 1.0E-35  4  8  15
   Daphnia.pulex 1.0E-50  1  4   8
   Daphnia.pulex 1.0E-75  0  2   6
Ixodes.scapularis  1.0E-6  7 20 118
Ixodes.scapularis 1.0E-10  6 17 107
Ixodes.scapularis 1.0E-20  4  6  46
Ixodes.scapularis 1.0E-35  2  3  14
Ixodes.scapularis 1.0E-50  0  0   5
Ixodes.scapularis 1.0E-75  0  0   2
")->con,header=T);close(con)

#data.frame to assign a color to the data, depending on species names on y axis
orga<-c("Daphnia.pulex","Ixodes.scapularis")
color<-c("cornsilk2","darkolivegreen1" );
phylum<-c("arthropoda","arthropoda" );
colorChooser<-data.frame(orga,color,phylum)

#fonction for custom rendering of left y axis labels 
yscale.components.custom<-function(...) {
  ans<-yscale.components.default(...)
  #vector for new label colors, grey60 by default
  new_colors<-c()
  new_colors<-rep("grey60",length(ans$left$labels$labels))
  # the for() check all labels character and assign the corresponding color with the colorChooser data.frame
  n<-1
  for (i in ans$left$labels$labels) {
      new_colors[n]<-as.character(colorChooser$color[colorChooser$orga==i])
      #got the color corresponding to the label, with the colorChooser dataframe
  n<-n+1
  }
  print(length(new_colors))
  cat(new_colors,sep="\n")  #print the content of the generated color vector
  ans$left$labels$col<-new_colors  #assign this vector to col parameter
  ans
}

#plot everything
bwplot(   reorder(species,l1,median)~l1,
      data=test2,
      panel = function(..., box.ratio) {
            panel.grid(h=length(colnames(cdata[,annot.arthro]))-1,v=0,col.line="grey80")
            panel.violin(..., col = "white",varwidth = FALSE, box.ratio = box.ratio )
            panel.bwplot(..., fill = NULL, box.ratio = .07)
      },
      yscale.components=yscale.components.custom
)

これは、yscale.components.custom 関数に含まれる cat() コマンドの出力です。ご覧のとおり、2 倍のカラー ラベルを出力しますが、ans$left$labels$col に割り当てられたベクトルの長さは 2 です。Y 軸のラベルの色を設定する 2 番目の呼び出しはありますか? それはどこから来たのですか ?

[1] 2
darkolivegreen1
cornsilk2
[1] 2
darkolivegreen1
cornsilk2

色が ans$left$labels$col に割り当てられている理由はわかりませんが、すべてが黒で描かれています。同じcolorChooser data.frameを使用して、バイオリンの境界線の色も変更したいのですが、それは別の話です...

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