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RcppEigen の JacobiSVD は 3.0 へのアップグレードで遅くなりましたか? RcppEigen を使用する私のライブラリは、もはや高速に動作するようになりました。

> n<-1000
> m<-matrix(rnorm(n*n),n,n)

> unix.time(s1<-svd(m))       # R
   user  system elapsed 
 10.376   0.028  10.407 

> unix.time(s2<-svdArma(m))   # RcppArmadillo
   user  system elapsed 
 22.997   0.000  23.001 

> unix.time(s3<-svdEigen(m))  # RcppEigen
   user  system elapsed 
180.708   0.000 180.712

R のテストコードは次のとおりです。

library(inline)

codeArma='
    arma::mat    m = Rcpp::as<arma::mat>(m_);

    arma::mat u;
    arma::vec s;
    arma::mat v;

    arma::svd(u,s,v,m); 
    return List::create( Rcpp::Named("u")=u,
                         Rcpp::Named("d")=s,
                         Rcpp::Named("v")=v );
'
svdArma <- cxxfunction(signature(m_="matrix"),codeArma, plugin="RcppArmadillo")

#-----------------------------------------------------------------------

codeEigen='
  const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd> m (as<Eigen::Map<Eigen::MatrixXd> >(m_ ));

  Eigen::JacobiSVD <Eigen::MatrixXd>svd(m,
                   Eigen::ComputeThinU|Eigen::ComputeThinV);
  return List::create( Rcpp::Named("u")=svd.matrixU(),
                       Rcpp::Named("d")=svd.singularValues(),
                       Rcpp::Named("v")=svd.matrixV() );
'
svdEigen <- cxxfunction(signature(m_="matrix"), codeEigen, plugin="RcppEigen")

#------------------------------------------------------------------------
n<-1000
m<-matrix(rnorm(n*n),n,n)

system.time(s1<-svd(m))       # R
m1<-s1$u %*% diag(s1$d) %*% t(s1$v)
all.equal(m,m1)

system.time(s2<-svdArma(m))   # Armadillo
m2<-s2$u %*% diag(array(s2$d)) %*% t(s2$v)
all.equal(m,m2)

system.time(s3<-svdEigen(m))  # Eigen
m3<-s3$u %*% diag(s3$d) %*% t(s3$v)
all.equal(m,m3)

-------------------------------------------------- --------

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R 3.0.0 に切り替えても、 などのパッケージのパフォーマンスに影響を与えることはありませんRcppEigen。パフォーマンスの低下が見られた場合は、何か他のことが起こっている可能性があります。

また、Armadillo や Eigen を使用して C++ で直接 SVD をコンパイルすることで大まかなことを試みることもできます (R の外部にインストールしている場合や、いじくり回して使用する R パッケージからヘッダーを取得する場合)。

于 2013-05-03T18:50:33.573 に答える