5行目のコード行で間違っていたと思います。ユーザーが定義する変数には % 記号は付きません。
settings := {myColor: "color"}
myColor := "color"
settingName := "myColor"
settingValue := "0x00FF00"
settingName = %settingValue% ; Alternative 1
settingName := settingValue ; Alternative 2
settings[settingName] := settingValue
e := settings[settingName]
MsgBox % e " - " settings[settingName] " - " settingValue
;Displays 0x00FF00 - 0x00FF00 - 0x00FF00
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Settings[MyColor] = 0x00FF00 が必要だと思いますが、Settings[0x00FF00] = 0x00FF00 になりました。
settings := {myColor: "color"}
myColor := "color"
settingName := "myColor"
settingValue := "0x00FF00"
settings[settingName] := settingValue
MsgBox % settings[settingName] " - " settingValue
;Displays 0x00FF00 - 0x00FF00
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